La historia es una continuación de los acontecimientos descritos en el juego Persona 4 Arena y comienza al día siguiente de su conclusión. El Canal Medianoche vuelve a emitir un extraño anuncio de otro torneo de lucha bautizado como P-1 Climax, en el que aparecen miembros del Equipo de Investigación y de los Operativos Sombra en combate. Instantes después, Inaba sufre un apagón y se ve envuelta en una extraña niebla roja.